El municipio de San Juan del Río se localiza al sureste de la entidad en las coordenadas 20 ° 12′ y 20 ° 34 ‘de latitud norte y de 99° 49 ‘ y 100 ° 12’ de longitud oeste, con una altitud sobre el nivel del mar de 1,920 m y a una distancia de 51 kilómetros de la capital del Estado.
Está delimitado políticamente por los estados de México e Hidalgo en el este ;por el municipio de Amealco de Bonfil al sur; por el municipio de Pedro escobedo y Tequisquiapan al norte
